W 2005 roku, Frenkie zaliczył transfer z ASV Arkel do akademii piłkarskiej Willem II. W sierpniu 2013 roku podpisał swój pierwszy profesjonalny kontrakt z klubem. Po wielu treningach i wyjeździe na obóz przygotowawczy, De Jong zaliczył 10 maja 2015 roku swój debiut w pierwszej drużynie. Dobra postawa sprawiła, że graczem zaczęły interesować się inne kluby, w tym PSV.

De Jong wybrał jednak Ajax Amsterdam, gdzie podpisał umowę do czerwca 2019 roku. Ajax zadecydował jednak, że dla rozwoju gracza najlepszy będzie roczny powrót do Willem. Niespodziewanie jednak w Tilburgu nie widzieli dla niego miejsca, a Ajax zadecydował o przerwaniu wypożyczenia. Frenkie wrócił do Amsterdamu, gdzie zaczął grać i trenować z Jong Ajax. 25 stycznia 2015, Jong Ajax wygrali 2:1 z NAC Breda, a De Jong zdobył swojego pierwszego seniorskiego gola. Do końca sezonu, pomocnik rozegrał 15 spotkań dla Jong Ajax.

W przygotowaniach do sezonu 2016/17, Peter Bosz zagrał młodego gracza na obóz przygotowawczy do Austrii, gdzie De Jong zaliczył nieoficjalny debiut w pierwszej drużynie. Debiut oficjalny przypadł na mecz pucharowy właśnie z Willem II. Talent De Jonga zauważyli wszyscy i piłkarz otrzymał statuetkę Brązowego Byka, dla największego talentu Jupiler League. 12 lutego 2017 roku, Frenkie zadebiutował w Eredivisie. Joden pokonali 2:0 Spartę, a gracz zmienił na boisku Lasse Schone. 7 maja 2017 roku, Frenkie zdobył natomiast pierwszego gola dla Ajaksu, kiedy to Joden pokonali Go Ahead Eagles 4:0. Ukoronowaniem sezonu był występ w meczu finału Ligi Europy, gdzie Amsterdamczycy przegrali jednak z Manchesterem United.